על פי חוק, התוצרת החקלאית האורגנית הטרייה והמעובדת מהצומח מפוקחת ע"י משרד החקלאות משנת 2008, עת נכנסו התקנות להסדרת הייצור והמכירה של תוצרת אורגנית מהצומח לתוקף, ומשנת 2013 תקנות תוצרת אורגנית מן החי.

על צרכן המעוניין לצרוך תוצרת אורגנית, לחפש את הסמל האורגני האחיד של משרד החקלאות ופיתוח הכפר על המוצרים האורגניים, כדי להיות בטוח כי המוצר שהוא רוכש אכן גודל ויוצר על פי הסטנדרט האורגני והוא מפוקח ע"י אחד מגופי האישור והבקרה שהסמיך משרד החקלאות: "סקאל ישראל", "אגריאור" ו"איי קיו סי – המכון לבקרה ואיכות".

מאז כניסת החוק לתוקף מבצע המשרד פיקוח בנוסף לביקורת השוטפת שמבצעים גופי הפיקוח על התוצרת האורגנית בישראל (כ- 1.5% מכלל התוצרת החקלאית המיוצרת בישראל וכ- 13% מכלל הייצוא החקלאי), הן ברמת שאריות חומרי הדברה והן ברמת עקיבות וסימון המוצרים לצרכן. המוצרים שנבדקו במסגרת סקר שנת 2013 כללו תוצרת טרייה ומעובדת, ביניהם פירות וירקות, תבלינים טריים, לחמים, פריכיות אורז, עגבניות חתוכות.

תוצאות סקר שאריות חומרי הדברה בשנת 2013 מעודדות, ומצביעות על מגמת הירידה בשאריות חומרי הדברה אסורים במוצרים האורגנים, עם ירידה ניכרת של 56% באחוז החריגה.
כן מראות התוצאות על שיפור בסימון הנכון של המוצרים האורגנים בסמלים. על פי תוצאות הסקר, בשנה שחלפה נמצאו חריגות ב- 3.8% בלבד מהדגימות, לעומת 6.8% בשנת 2012, של מוצרים עם חריגה בשאריות חומרי הדברה.

מיום החלת החוק הוסדר נושא התוצרת האורגנית במדינת ישראל – באילו רכיבים אסור ומותר להשתמש במוצרים אורגניים, איך יש לגדל תוצרת אורגנית ובאילו הגבלות (מרחק משדה גידול "רגיל", השקיה, מניעת סחף), כיצד ניתן להסב חלקה "קונבנציונלית" לאורגנית, כיצד יש לארוז, לאחסן ולשנע את התוצרת החקלאית האורגנית, איך יש להציג את התוצרת האורגנית בנקודות השיווק, כיצד עליה להיות ארוזה ומה צריך להיות מסומן עליה, איזה פיקוח ובקרה נעשה על תוצרת אורגנית.

כדי לוודא כי מוצר אורגני הנו מפוקח, יש לחפש את הסמל האורגני האחיד של מדינת ישראל (משרד החקלאות) על אריזת המוצר (פירות, ירקות, מוצרים ארוזים) ואת סמל הפיקוח של אחד מגופי האישור והבקרה המוסמכים לתת למגדל וליצרן האורגני את ההיתר לסמן את המוצר כאורגני.

 

בינואר 2014 אישרה הכנסת תיקון בחוק האורגני, לפיו המילה 'אורגני' משויכת אך ורק למוצרים הנושאים את סמל המשרד. המשמעות היא כי מוצר שנקרא "אורגני" מחויב לשאת הסמלים ולעמוד בדרישות החוק.