משרד החקלאות מפרסם את הסקר השנתי לבדיקת "כשרות" התוצרת האורגנית בישראל, כאשר המוצרים שנבדקו במסגרת סקר שנת 2011 כללו תוצרת טרייה ומעובדת, ביניהם: עגבניות, מלפפונים, תבליני עלים, פלפלים, חסה, לחמים, פסטות, קטניות, ריבות, דברי מאפה, פירות יבשים.

תוצאות סקר שאריות חומרי הדברה בשנת 2011 מורות על ירידה משמעותית באחוז החריגה ועל עלייה בסימון הנכון של המוצרים האורגנים בסמלים – בשנה שחלפה נמצאו חריגות רק ב- 3.6% מהדגימות, לעומת 8.6% מהמוצרים עם חריגה בשאריות חומרי הדברה בשנת 2010, ולעומת 24% חריגה בשנת 2009.

מתוצאות הסקר של שנת 2011 עולה כי בשתי דגימות (מלון וקישוא), מתוך 54 דגימות בפירות וירקות, נמצאו שאריות של חומרי הדברה. תחקור של האירוע העלה כי השאריות שנמצאו מקורן מרחף של ריסוס מחלקות גידול קונבנציונליות (לא אורגניות) סמוכות. התוצרת לא שווקה כתוצרת אורגנית, אלא כתוצרת רגילה וחלקות הגידול נכנסו לתקופת הסבה מחדש.
בנוסף, בדגימה אחת מתוך 31 דגימות של מוצרים מועבדים נמצאו שאריות של חומרי הדברה במיץ ענבים מתוצרת נהרות שם-הר עמשא. המיץ נפסל לשיווק כתוצרת אורגנית.

ב- 47% מהחנויות הפיקוח סווג כתקין, ב- 33% מהחנויות הפיקוח סווג כטעון שיפור וב- 20% מהחנויות הפיקוח סווג כלא תקין. דוגמאות לפיקוח לא תקין: שילוט לא תקין במדפי החנות, שימוש בתעודות משלוח לתוצרת משווקת ונרכשת שלא על פי דרישות החוק, תוצרת משווקת לחנויות באריזות ללא סימון ועקיבות כנדרש, מוצרים שאינם מסומנים בסמלי האורגני כחוק.

התוצרת החקלאית האורגנית הטרייה והמעובדת מן הצומח מפוקחת על ידי משרד החקלאות ופיתוח הכפר על פי חוק משנת 2008, עת נכנסו התקנות להסדרת הייצור והמכירה של תוצרת אורגנית מן הצומח לתוקף. צרכן המעוניין לצרוך תוצרת אורגנית צריך לחפש את הסמל האורגני האחיד על המוצרים האורגניים של משרד החקלאות ופיתוח הכפר, על מנת לדעת בביטחון כי המוצר שהוא רוכש אכן גודל ויוצר על פי הסטנדרט האורגני והוא מפוקח על ידי אחד מגופי האישור והבקרה שהסמיך משרד החקלאות ("דרך המעבדה", "סקאל ישראל", "אגריאור" ו"המכון לבקרה ואיכות").

מאז כניסת החוק לתוקף, מבצע המשרד "פיקוח על" מעבר לביקורת השוטפת שמבצעים גופי הפיקוח על התוצרת האורגנית בישראל הן ברמת שאריות חומרי הדברה והן ברמת עקיבות וסימון המוצרים לצרכן. במסגרת הסקר בודקים מפקחי השירותים להגנת הצומח ולביקורת שלושה פרמטרים:
1. בדיקת עקיבות – האם היצרן או המגדל מפוקח על ידי אחד מגופי האישור והבקרה המוסמכים.
2. בדיקת סימון – בדיקה האם תווית המוצר נושאת את הסמל האורגני וסמל גוף הפיקוח כפי שדורש החוק, אשר מאפשר לצרכן לזהות כי מדובר במוצר אורגני מפוקח, וכן האם מופיע שם היצרן של המוצר, כנדרש.
3. בדיקות מעבדה לשאריות חומרי הדברה – בדיקה האם במוצרים יש שאריות חומרי הדברה האסורים לשימוש בחקלאות האורגנית.

שרת החקלאות ופיתוח הכפר, אורית נוקד, אומרת: "אני רואה חשיבות רבה להעלאת נושא השקיפות וההוגנות בכל התחום האורגני בישראל. המשרד מקדם בימים אלו שינויי חקיקה שיבטיחו שכל התוצרת האורגנית בישראל תישא את סמלי החוק. בנוסף, בכוונתנו להקים מאגר מידע אינטרנטי בו ניתן יהיה לפרסם את רשימת המגדלים והיצרנים שלא יעמדו בדרישות החוק".

החקלאות האורגנית בישראל מהווה כ- 1.5% מכלל התוצרת החקלאית המיוצרת בישראל וכ- 13% מכלל הייצוא החקלאי. בענף עוסקים כ- 650 אנשים, מתוכם כ- 380 חקלאים. כ- 78,000 דונם מגודלים כאורגני לפי הפילוח: גידולי שדה – 45.6%, ירקות – 28%, פירות – 21%, הדרים – 4.2%, תבלינים – 1.2%.
בנוסף לגידול לטובת הצריכה המקומית, מייצאת ישראל תוצרת אורגנית למדינות האיחוד האירופי בעונת הייצוא 2010-2009 יוצאו 68,337 טון ירקות, 3,585 טון פירות ו- 1,670 טון פירות הדר.

התוצרת האורגנית צריכה להיות מופרדת באופן ברור מהתוצרת הרגילה. כלומר, אם חנות מוכרת גם תוצרת אורגנית וגם תוצרת רגילה, הן חייבות להיות מופרדות האחת מהשנייה על מנת למנוע בלבול מיותר. בכל חנות צריך להיות אזור נפרד למוצרים האורגנים, בין אם מדובר בפירות וירקות ובין אם מדובר במוצרים מעובדים, כדוגמת: פסטה, קטשופ, רטבים וכו'. בחנויות המוכרות תוצרת אורגנית בלבד אין צורך להפריד בין המוצרים השונים.
במקום המכירה חייב להיות מוצב שלט שרשומות בו המילים "תוצרת אורגנית".

כניסת החוק והתקנות לתוקף מאפשרות למשרד החקלאות לאכוף על פי חוק את ייצור התוצרת האורגנית ובמקרה הצורך לנקוט בהליכים משפטיים. משרד החקלאות מבצע פיקוח על פעילות גופי הבקרה. בנוסף, מפקחי המשרד בודקים את התוצרת האורגנית ומוודאים שהיא עומדת בקריטריונים שנקבעו. בין השאר נבדקות נקודות המכירה, נבדקת ההפרדה של התוצרת האורגנית מתוצרת לא אורגנית, נבדק סימון התוצרת וכו'.
כמו כן, מפקחי המשרד בודקים דגימות של מוצרי תוצרת אורגנית במעבדה על מנת להבטיח שלא נעשה שימוש בחומרים ורכיבים אסורים במוצרים אורגניים.