שלמה כהן ז"ל שהיה מנכ"ל מכון היין במשך שנים ארוכות והפך למזוהה חד-ערכית עם גוף זה, הלך לעולמו בחודש מרץ 2012.
בחודש אוקטובר 2013 מת גם מכון היין, לאחר שהקבינט הכלכלי-חברתי מצא במה לעסוק, ואישר את פירוקו של מכון היין הישראלי, מסתבר כי זאת בהמשך להחלטת ממשלה משנת 1997.

על פי הודעה לעיתונות של משרד התמ"ת, בחודש אפריל 2012 הוגש לשר התמ"ת ולשרת החקלאות דו"ח צוות בינמשרדי, שהוקם על ידי השרים לצורך בחינת ענף היין.
בין מסקנות הצוות נקבע כי מכון היין אינו מקיים את עיקר מטרותיו, כגון פרסום יינות בכל דרך בארץ ובחו"ל; ייזום, עידוד וסיוע למחקר אודות בעיות ייצוא היין הישראלי ושיווקו; ליזום ולסייע בהקמת מרכזי פרסום, מוסדות מחקר ומוסדות אחרים שיכולים לסייע במימוש מטרות המכון; לרשום את החברה ברחבי העולם על מנת שתהווה יצוג חוקי בחו"ל; וכן כי המכון אינו מייצג את היקבים הקטנים שהתפתחו בשנים האחרונות, ואינם חברים בו ובכך נוצר ניגוד ענינים מובנה בפעילותו.

על רקע זה הודיע הממונה עלהתקינה במשרד התמ"ת למכון היין, כי הוא לא יכול להיות מעבדה מאושרת לבדיקות עמידה בתקן יין, ולפיכך יש בעיה בכיבוד בדיקות המכון לצורכי הפקת רישיונות ייבוא וייצוא.

בהודעה נאמר כי רשות החברות הממשלתיות והגורמים המקצועיים במשרד התמ"ת, מאוחדים בדעה כי הדרך המתאימה לסיום פעילותה של החברה הינו בדרך של פירוק, כאשר המסלול המתאים הינו פירוק מרצון של החברה. מסתבר כי החלטת הקבינט החברתי כלכלי התקבלה לאחר קיום היוועצות עם דירקטוריון מכון היין, שאינו מתנגד למהלך.

משרד התמ"ת ממהר ומסה להרגיע, כי הפסקת פעילותו של המכון  אינה צפויה ליצור משבר בשוק, ומבדיקה שנעשתה על ידי המשרד קיימת כבר כיום חלופה לביצוע הבדיקות הנדרשות לצורך בחינת עמידת המשקאות בתקינה הרלוונטית – בדמותו של מכון התקנים הישראלי, שגם כיום מוכר כדין לעניין זה ומבצע כ-10% מן הבדיקות, והוא ערוך לקליטה מיידית של הפעילות.
בטווח ארוך יותר קיימת גם אפשרות להכיר במעבדות נוספות כמעבדות אשר יוכלו לבצע הבדיקות הנדרשות,, וכל בקשה כזו תיבחן על ידי הממונה על התקינה כנדרש.

בציטוט של שר התמ"ת שלום שמחון, נאמר: "אני שם דגש על כך שהיבואנים והיצואנים לא יפגעו, וגם לא העובדים של המכון, לכן אני שמח על היערכות מכון התקנים שערוך לקליטת כל הפעילות, גם תוך הליכי הפרוק של מכון היין, ולנכונות לעשות הכל להבטחת המשך העסקתם של עובדי מכון היין".

בהודעה לעיתונות נאמר גם כי ענף היין כולל יבוא יינות בסך של כ- 38 מיליון דולר ויצוא בסך של כ- 25 מיליון דולר בשנה.
סך כל ההכנסות מבדיקות משקאות אלכוהוליים לצרכי יבוא ויצוא ובדיקות איכות, מוערך ב- 4.5 מיליון ₪ בשנה, כשמכון היין מתוך סכום זה כ- 3.9 מיליון ₪.
בדיקות אלה בוצעו עד עתה בעיקרן על ידי שני גופים בישראל – מכון היין ומכון התקנים. כאשר כ-90% משוק הבדיקות היה בידי מכון היין, כך שהכנסות מכון התקנים יגדלו במחי החלטת הממשלה בכ- 4 מיליון ש"ח בשנה – עסק לא רע.